Вот код из моего модуля для одной из тем для обработки нажатий  "В корзину", "Заказ обратного звонка", "Регистрация".
Можно к любому элементу добавить класс metrika_<название цели> и нажатие будет отрабатываться автоматически.

Ярослав, спасибо! Сделал у себя без модификации файлов, через модуль "Подключение JS-скриптов". Работает!

{* Скрипт с обработкой целей Яндекс метрики *}
<script type="text/javascript">
function metrikaReach(goal_name) {
    
    yaCounter{$metrika_id}.reachGoal(goal_name);
  
}

$( document ).ready(function() {
$('body').on('click', '.metrika', function() {
    var goal_name = this.className.match(/metrika_([^\s]+)/);
    if (goal_name[1]) {
        metrikaReach(goal_name);
    }
    return true; 
});


$('body').on('submit', 'form.register', function() {
    var goal_name = 'rs_register';
    metrikaReach(goal_name);
    return true; 
});

$('body').on('click', '.addToCart', function() {
    var goal_name = 'rs_addtocart';
    metrikaReach(goal_name);
    return true; 
});

$('body').on('click', '.formSave', function() {
    var goal_name = 'rs_formsave';
    metrikaReach(goal_name);
    return true; 
});


});

</script>

Вот код из моего модуля для одной из тем для обработки нажатий  "В корзину", "Заказ обратного звонка", "Регистрация".
Можно к любому элементу добавить класс metrika_<название цели> и нажатие будет отрабатываться автоматически.
{$metrika_id} замените на номер счетчика метрики.

Чего конкретно Вы опасаетесь?

Хочу как можно меньше правок вносить в код, чтобы не терять легкость обновления. Можно конечно git подключить, но еще лучше - иметь все нужные функции из коробки и ничего не кастомизировать

Подскажите, пожалуйста, можно ли без редактирования файлов темы добавить цели Яндекс.Метрики:
1. Кнопка "Добавить в корзину"
2. Кнопка "Купить в 1 клик" (здесь 2 разных цели: открытие формы и отправка формы)?

Установка цели, предполагает под собой правки шаблона, т.к. требуется дописать onclick="И тут код из метрики". Т.е. да нужно немного поправить шаблон, сделав клон.

Чего конкретно Вы опасаетесь?

Если нужно редактировать файлы темы, то вопрос о будущем системы, стоит ли сейчас на это тратить ресурсы, или может это будет в новой версии или готовящемся модуле?