Это сделано, чтобы отформатировать текст, т.к. он там приведён в чистом тексте и в таком случае учитываются все отступы. Плюс это позволяет на почтовых ящиках, которые режут стили, сохранить форматирование.
Т.е. чтобы у всех пользователей отображалось одинаково. У админа не важно, поэтому и сделали без pre с использованием тегов.Вы можете при желании перекрыть шаблон письма, своим скопированным шаблоном и убрать тег <pre>
Например если у вас шаблон:
/modules/shop/view/notice/touser_checkout.tpl
заменить на:
/templates/ВАША ТЕМА/moduleview/shop/notice/touser_checkout.tpl
И всё
]]>