Попробовали по описанной схеме. Товары задваиваются.

В моем складе есть свой апи, можно выгрузить что угодно, куда угодно и в любых вариантах. У меня несколько магазинов каждые 5 минут обновляются.

Да надо было вести в Мой Склад всё. Это связано с тем, что Мой склад выгружает их с уникальными идентификаторами. НО у нас недавно появилась возможность опознавать товар по артикулу при экспорте из 1С или МойСклад. Включить эту возможность можно в Веб-сайт->Настойки модулей->Обмен данными с 1С->Вкладка Каталог товаров->Поле Идентифицировать товары по артикулу и наименованию

Вы импортируете в Мой Склад товар. Включаете галочку. Проводите полный импорт из Мой склад в RS. У товаров проставляется нужные идентификаторы. Выключаете галочку. Радуетесь жизни.

Попробовали по описанной схеме. Товары задваиваются.

у нас недавно появилась возможность опознавать товар по артикулу при экспорте из 1С или МойСклад.

О, это круто. У меня, к сожалению, версия без синхронизации с 1С.
Однако, я нашел похожую настройку в модуле «Расширений обмен данными о товарах в CSV» (пункт "Поля для идентификации товара при импорте"), там тоже есть идентификация по ID. Это поле и есть тот самый ID?

Подскажите, как правильно настроить экспорт из RS для первоначального создания базы данных в МойСклад?
Есть ли какие-то нюансы? Я просто только начинаю знакомиться с МойСклад, пока еще не особо понял, зачем оно нужно вообще, кроме того, что некоторые кассовые аппараты, которые с 01.02.2017 обязательны к использованию, оказываются, тоже поддерживают импорт каталога товаров из этой МойСклад.

Вы импортируете в Мой Склад товар. Включаете галочку. Проводите полный импорт из Мой склад в RS. У товаров проставляется нужные идентификаторы. Выключаете галочку. Радуетесь жизни.

Возможности загружать в мой склад уже заведённые товары нет. МойСклад этого не поддерживает по стаандарту впрочем, как и 1С.

То есть, получается для того, чтобы синхронизироваться с Мой Склад надо было весь каталог товаров сперва в него заводить ??? А как же быть, если уже несколько тысяч позиций заведено в RS? Можно ли базу данных экспортнуть в  Мой Склад и не потеряются ли при этом некоторые поля, напр., Многомерные комплектации, похожие товары и т.п.

Связка простая. Товары заводятся в Мой Склад, далее выгружаются в ReadyScript, с заведёными свойствами и данными.
У Вас конкретно, какие проблемы?

Завести товары не проблема, добавить свойства тоже, но получается все товары будут задвоены? То есть получается надо полностью перерабатывать все товары экспортируемые с моегосклада.