Ответ:
Все меню храняться в админ панели в Веб-сайт->Меню. Соотвественно там и нужно создавать все меню. Когда на сайте одно меню это понятно, но гораздо чаще встречается ситуация когда нужно сделать несколько меню. Например верхнее и нижнее меню.

Меню в ReadyScript выводится при помощи блок контроллера меню (\Menu\Controller\Block\Menu) у которого есть параметр "корень", т.е. откуда начинать строить меню.

Что должно быть корнем? Корнем может быть любой пункт меню. Я предлагаю просто снимать галочку публичности у него и ставить галочку напротив "Не учитывать в хлебных крошках" при редактировании пункта меню.
Т.е. мы просто создаёт два корневых пункта меню "Верхнее меню" и "Нижнее меню". После чего последующие пункты меню создаём и указываем в качестве родите либо нижнее меню, либо верхнее.
В блок контроллере меню, которое можно создать в конструкторе сайта или прописать его в шаблоне, в настройках модуля нужно указать в качестве корневого элемента для построения нужное нам уже созданное меню.
После чего не забыть сбросить кэш.

Есть ещё один вопрос, который часто возникает это - я создаю пункт меню типа "статья" поле чего к ней создаётся страница и благополучно открывается. Но что делать если мне нужно один из пунктов продублировать скажем "Контакты" в нижнем меню.
Для этого надо в нижнем меню создать пункт меню типа ссылка и указать ссылку на уже существующую страницу "Контакты". Ссылку на эту страницу можно получить если справа от пункта меню вызвать выпадающий список и выбрать открыть ссылку на сайте. После чего скопировать адрес в браузере.
Пробуйте, может кому пригодится.