Вы можете сделать простейший контроллер.
<?php
namespace ВАШ МОДУЛЬ\Controller\Front;
class Compare extends \RS\Controller\Front
{
    function actionIndex()
    {
           $compare = \Catalog\Model\Compare::currentCompare();
           $compare->removeAll();
           return $this->result->setSuccess(true);
    }
    
}     
Задать маршрут для контроллера
<?
namespace ВАШ МОДУЛЬ\Config;
class Handlers extends \RS\Event\HandlerAbstract
{
    function init()
    {
        $this
            ->bind('getroute');
    }
    
    public static function getRoute($routes) 
    {
        $routes[] = new \RS\Router\Route('ВАШ МОДУЛЬ-front-compare', array(
            '/resetcompare/',
        ), null, t('Удаление всех товаров из сравнения'));
        return $routes;
    }
}
после этого дернуть URL /resetcompare/ из jQuery, чтобы удалить все товары из сравнения одним запросом к серверу.
Ну либо в JavaScript просто последовательно эмитировать click на крестики у товаров в сравнении, если не хотите создавать простой контроллер.