Кроме того, теперь стало не понятно, как отключить заголовки от родителей. А то назвал нижнее меню "Футер-1" и "Футер-2". Теперь внизу эти заголовки и выводятся и убрать нельзя.

У верхнего меню сделайте своего родителя и потом назначьте у блока с выводом.

Попробовал. Если родитель один, то верхнее меню выводится правильно, а нижнее все равно дублируется,
если родителей сделать два - то тогда нижнее можно разбить на два, как надо, но верхнее меню при этом тоже рассыпается на два.

А надо, чтобы верхнее было в одну строку все пункты, а нижнее просто в несколько столбцов распределилось по ширине.

видимо, вариант сейчас один, сделать дубликаты ссылок с разным количеством родителей и в верхнем выводить из одной копии (с одним родителем), а в футере из другой (где два родителя).

Все, что у меня получается, это выводятся все пункты в обоих столбцах, что, как бы, не имеет смысла.

см. скриншот:
http://prntscr.com/hl7x5n

а если оставить только один столбец, то футер очень незаполненным выглядит....