Конструктор очень сильно выручает. Им пользуются владельца прибыльных магазинов.

Может быть, не спорю. Но мне нужен вариант без привязки к сеточному фремворку и хранением блоков в бд.

Но ведь отключив презентационные классы, вы отключаете какую-либо возможность влиять на ход расстановки секций из админ. панели. То есть у юзера уже не будет шансов секции выстроить 2 в строку, например, если он ваш класс не пропишет (а он не знает как называются ваши классы).

Да, всё верно, я бы этого и хотел. Вообще считаю что конструктор в текущем виде вредная фича и пользуются ей те кто хочет просто поиграться. Сомневаюсь что у владельца прибыльного магазина есть вообще на это время. Конструктор, если уж он и есть, должен быть создан для разработчика, а не для конечного пользователя.

Видимо да, буду пробовать

Наш конструктор предусматривался, чтобы все-таки сетку собирать на стандартных классах gs960, bootstrap, но ее можно корректировать добавляя свои классы. То есть мы не рассматривали тот случай о котором вы пишете.

Пожалуй, сейчас это возможно только кастомно (на конкретном проекте), способом описанным мною выше.

Не совсем понятен замысел исключения классов

Смысл в том, что я хочу иметь "переносимую" тему, который хранит настройки блоков в бд, а это могут только темы построенные по сетке. Но я не хочу иметь мусорные классы в коде, потому что сетка у меня строится не на презентационных классах, а в CSS.

Зачем мне "переносимая" тема? Хочу её многократно реиспользовать, а так же размещать в маркетплейс.

Почему я не хочу мусорные классы в коде? Потому что не смогу представить это как серьёзное портфолио, такая вёрстка не семантична.

Если есть другой способ решения моей задачи, подскажите пожалуйста.

/templates/system/gs/gs960/section.tpl
/templates/system/gs/blocks.tpl
/templates/system/gs/container.tpl

Теоретически вы можете сделать с ними что угодно, перегрузив их в папке с помощью размещения в папке
/templates/mysystem/gs/....

/templates/mysystem  - зарезервированное имя папки, в которой можно перегружать файлы из папки /templates/system,
воспроизводя относительный путь к файлам.

Вопрос в заголовке.

Я не верстаю при помощи таких техник, не люблю засорять html лишними мусорными классами. Поэтому всё что делают презентационные классы в таких сетках у меня вынесено в css. И я не хочу видеть это в html.

Можно конечно сделать шаблон без конструктора, но тогда теряется его универсальность.