Таким образом, теоретически возможно взять ваш html, подключить все наши JS, например из flatlines,
разметить элементы вашего HTML rs-.... классами и все заработает.

Допустим, чтобы заработали ссылки "добавить в корзину", нужно всем ссылкам добавить класс rs-to-cart

Нужно также следить за вложенностью элементов с классами rs-.... Вложенность должна быть такая же как и в исходной теме. (от которой вы взяли JS)

Возник следующий вопрос. Допустим у меня есть готовый html макет со скриптами, стилями, иконками и тд. Т.е. как макет он работает (появляются модальные окна, добавляется товар в корзину (чисто визуально)). Как это все перенести на платформу в итоге?
Использовать скрипты которые есть в готовых темах оформления? соблюдая все классы id и т.д (что сулит небольшими, но правками верстки). Или есть какой-то способ перенести свои скрипты, но как тогда выполнять ajax запросы и и т.д.

Или все же лучше брать готовую тему с ее скриптами и переверстывать, изменяя внешний вид?

Господа администраторы и разработчики, как Вы предпочитаете делать? какой способ менее болезненный?