Невозможно использовать складской учет на сайте и делать обмен с 1С. Нужно выбрать что-то одно. Система не даст вам произвести обмен с 1С при включенном складском учете.

Это опция, что вы описываете никак с этим не связана. Она связана лишь с сохранением остатков на складах, у которых нет xml_id, т.е. они созданы не 1С'ом.

На самом деле эта опция работает интересно, и не пойму правильно это или нет, поэтому отключил ее.

У нас остатки передаются из 1с. И иногда почему-то получается так, что  количество становится отрицательным. Возможно потому что одновременно было 2 заказа на количество больше чем в наличии, возможно другая причина. разобраться и понять логику - нет времени.

Это опция, что вы описываете никак с этим не связана. Она связана лишь с сохранением остатков на складах, у которых нет xml_id, т.е. они созданы не 1С'ом.