Вы просто изменяете описание Orm объектов.
Например с помощью обработки необходимого события в вашем модуле
http://readyscript.ru/dev-manual/dev_or … orm_events

Потом заходите в раздел Веб-сайт->Настройка модулей. Выбираете ваш модуль и нажимаете "Переустановить модуль". Установщик сам найдет все ORM объекты модуля и приведет структуру БД в соответствие с описанием ORM объекта.

То есть для синхронизации локальной версии сайта и удаленного сайта,
нужно просто перекинуть файл с классом ORM объекта, например product.inc.php на боевой сервер и "Переустановить модуль", описанным выше образом.

1. Это уровень SQL запросов - класс \RS\Db\Adapter

\RS\Db\Adapter::sqlExec("INSERT INTO table(a,b) VALUES('#a', '#b')", array('a' => 'значение А', 'b' => 'значение B'));

2. Это уровень ORM объектов.(рекомендуемый уровень). в данном случае вы будете оперировать понятием объект.
Например, если необходимо вставить товар, то вставка должна происходить так:

$product = new \Catalog\Model\Orm\Product;
$product['title'] = 'Название товара';
$product['alias'] = 'URL имя товара';
$product['xdir'] = array('ID категории', 'ID другой категории, если нужно');
$product['xcost'] = array(
   'ID типа цен' => 'Цена',
   'ID типа цен2' => 'Цена2'
);
$product['maindir'] = 'ID главной категории';
//...
if ($product->insert()) {
     //Товар добавлен, ID товара - $product['id'];
}