И из-за этой же настройки видимо не загружалась выгрузка из 1С когда в настройках обмена стоит размер больше 2 Мб.

Вы можете открыть окно Товары->Каталог товаров->Импорт/Экспорт->Импорт изображений из ZIP. В этом окне можно увидеть какие ограничения у вас установлены на сервере по размерам загружаемых файлов. Там будет фраза: "Максимальный размер загружаемого файла согласно настройкам сервера: NNN Мб"

1. Подскажите пожалуйста влияет ли активность пользователей или администраторов, которые пользуются сайтом во время того как происходит выгрузка из 1С? Каждый раз во время выгрузки происходит ошибка, если кто-то что-то делает в админке сайта.
Уточните ошибку. Потому как там ничего не понятно.

С этим вроде разобрались, проблем нет.

Разбил выгрузку на части по вашему предложению, теперь все вроде в порядке.

Также пробовал делать выгрузку вручную, указав import.xml и offers.xml - вылезла ошибка, что "ни один файл не выбран", причем после того как я нажал загрузить где-то секунд через 30

1. Подскажите пожалуйста влияет ли активность пользователей или администраторов, которые пользуются сайтом во время того как происходит выгрузка из 1С? Каждый раз во время выгрузки происходит ошибка, если кто-то что-то делает в админке сайта.

Уточните ошибку. Потому как там ничего не понятно.

Да так и должно быть, т.к. при выгрузке цены предварительно удаляются. И потом по мере обработки файла с ценами они появляются. Изменить это нельзя. Ставьте полную выгрузку ночью. А выгрузку изменений ставьте раз в пол часа в течении дня. Выгрузка изменений занимает намного меньше времени.

2. У нас в выгрузке около 2500 позиций с характеристиками и сама выгрузка выполняется около 10-15 минут, на это время все цены на сайте равны "0" - так и должно быть? Просто мы делаем выгрузку в 20:00 после того как закрывается наш розничный магазин, чтобы "подбить" верные остатки.