Почему? потому что при автоматическом обновлении устанавливаются патчи, правится структура БД (если были изменения), обновляются нужные файлы, все это делается в нужном порядке.

ВАЖНО: Для обновления стоит увеличить max_execution_time у PHP на локальной машине,
т.к. на медленном интернете загрузка обновлений с нашего сервера может прерываться по timeout'у.
------------

Обновление вручную - возможно, но в этом случае нужно обладать навыками программирования и работы с системой, чтобы в случае возникновения проблем, вы смогли их решить. В данном случае вы принимаете всю ответственность на себя. Вы можете скачать последний дистрибутив нашего продукта и обновить из него следующие папки вашей локальной копии:

/core/rs
/resource
/templates/system
/modules

Обязательно удалите папку /cache

после этого зайдите в раздел админ панели Веб-сайт->Настройка модулей и поочередно переустановите все модули.
В этом случае будут применены необходимые патчи.

Будьте внимательны и обновляйте только указанные выше папки!