Смысл такой: если товар дорогой или идет под заказ и т.п. и покупатель не хочет сразу вносить 100% через онлайн оплату, а ехать в офис и делать предоплату наличкой или через выставление счет очень лениво.
А хочет он внести 10% или 20 или 50% и т.п.

Т.е. в админке администратор может для товара установить минимальный размер предоплаты в % или в руб.
А у покупателя помимо кнопки купить есть еще кнопка "Внести предоплату" на те товары, на которые администратор установил такую возможность. Покупатель может ввести произвольную сумму, но не менее установленной администратором.
И соответственно, при оформлении заказа, покупатель оплачивает эту сумму, а не 100% стоимости.

Мне кажется, для дорогих товаров и товаров "на заказ" очень полезная штука.