От всех парсеров Вам вряд ли удастся избавится, т.к. они хорошо маскируются. Вообще в мегамаркете есть модуль антивирус, где есть нужный функционал сразу.

Как его интегрировать в шаблон? через тэги в smarty {php} {include_php} не работает.

Всё верно ведь шаблоны на то и предназначены, чтобы не использовать логики php в шаблонах. Это запрещено всеми известными шаблонизаторами. Т.к. это противоречит самой идее MVC, с разделением на шаблоны. Плюс сейчас это называется hardcode. Вы можете как вариант через static_call вызвать свою функцию.
Судя по статье Вам надо заблокировать пользователя по IP. Вы можете воспользоваться Управление->Настроки системы->справа блокировка по IP.