Все файлы и классы в системе обладают своим namespace в самом начале файла. Если вы укажите свой namespace то они не пересекутся. Т.е. для своей папки используется свой уникальный namespace.

В формате:
Папка модуля\путь к файлу

Также там прописаны маршруты обрабатываемых страниц для брендов. Они находятся в файле handlers.inc.php в методе getRoute. Их надо либо убрать, либо заменить на свои.
Документацию по маршрутам можно взять здесь:
Маршруты в ReadyScript

Следующий шаг. Нужно классы, которые отвечают за ORM объекты(записи в БД) изменить таким образом, чтобы они использовали другие таблицы, чтобы они не пересекались. Они находятся в папках /modules/НУЖНЫЙ МОДУЛЬ/model/orm/.
Например в объекте брендов это будет строка:

protected static
        $table = 'brand'; //Имя таблицы в БД

Вот описание ORM объектов в системе.
А вот, то что я приводил на форуме по полям ORM объектов.
Описание по полям

Если останутся вопросы, то говорите.

Дело в том, что нужно создать идентичный  классу "Бренды"  класс  "Магазины" для разделения товаров по физическим магазинам одной организации. У каждого магазина как и у бренда будет краткое описание, фото, категории товаров и т.д.

Под клонированием подразумевается не только создание идентичного класса но и шаблоны а также интерфейс админ. панели