А как это настроить не подскажете?

Прошу прощение за неточность. Можно ограничивать область отображения доставок вплоть до регионов, а не городов.
Делать это можно так:

1. Необходимо создать зону в разделе Магазин->Доставка->Зоны. В неё определить необходимые вам регионы.
2. Далее нужно добавить способ доставки в разделе Магазин->Доставка->Способы доставки, и указать у него зону, в которой должна отображаться доставка.

Такой способ доставки будет отображаться только, если у пользователя выбран соответствующий регион.
По аналогии вы можете добавить несколько зон и привязать к ним разные способы доставки.

Сейчас можно настроить, чтобы для покупателей из Краснодара были видны одни доставки, для покупателей из Владивостока - другие.

А как это настроить не подскажете?

Магазин просит выбрать способ доставки, а он предусмотрен только один, и покупателю приходится лишний раз тыкнуть мышкой. Логичнее было бы , если бы не надо было выбирать доставку или оплату, если выбирать не из чего.

Поддерживаю, если вариант доставки/оплаты только один, то можно было бы как-то пропустить этот этап?

Адрес доставки это обязательное поле. Но я сегодня обсужу данный момент с коллегами.
Возможно в последующих версиях сделаем необязательными

Я вижу в настройках модуля "Магазин", во вкладке "Оформление заказа" пункт:

Адрес - обязательное поле?

и галочка к нему.. Она что, не работает?

Сейчас можно настроить, чтобы для покупателей из Краснодара были видны одни доставки, для покупателей из Владивостока - другие.