1. При добавлении в корзину (на карточке товара) товара без комплетаций или с простой комплектацией показывается всплывающее окно с содержимым корзины. При добавлении в корзину товара с многомерной комплектацией - происходит переход на страницу корзины. Как сделать, чтобы и во 2 варианте тоже открывалось всплывающее окно?

Всплывающее окно отрабатывает благодаря наличию у ссылки класса inDialog. Поставьте его у нужной ссылки и будет Вам окно.

По дефолту скртыя у нас нет. Но мы подсказываем, когда комплектации нет и не даём положить в корзину, если включена соответствующая опция.
Зайдите в Веб-сайт->Настройка модулей->Магазин->Опция - Запретить оформление заказа, если товаров недостаточно на складе
и Разрешить предварительный заказ товаров с нулевым остатком - Нет (если даже заказать надо скрыть)

2. Вывод многомерных комплектаций, часть сочетаний которых отсутствует. На примере телефона Apple из демо данных. Скажем, есть следующие комплектации:
- 16 Gb - WiFi+3G
- 16 Gb - WiFi+3G+4G
- 32 Gb - WiFi+3G
- 64 Gb - WiFi+3G

Т.е. телефон WiFi+3G+4G есть только с 16 Gb. Но на карточке товара выводятся 2 списка - один с размерами памяти, второй - с модулями. И при выборе в первом списке, например, варианта 32 Gb, во втором списке по-прежнему будут доступны оба варианта (WiFi+3G и WiFi+3G+4G). При этом вариант 32 Gb WiFi+3G+4G можно будет положить в корзину и пройти на чекаут. (По крайней мере, именно так происходит у меня на локально развернутом магазине).

Возможно, я что-то делаю неверно. Подскажите, пожалуйста, что именно.