В moodle удобно сделано обновление в этом плане, если изменить версию модуля, то администратору предлагает обновить модуль, а при обновлении запускается upgrade, в котором выполняются инструкции. Т.е. при изменении в системе, если требуется выполнение патча или изменение структуры БД это появится само при заходе в админку

Но гораздо красивее, чтобы этого не делать, сделать следующее:
1) на удалённом хостинге на реальном сайте активировать лицензию.
2) на локалке сделать, чтобы копия у вас была на домене .local или .test, тогда лицензия проверять не будет никогда
3) на локалке ввести туже лицензию, что и на удалёнке. Тогда Вы сможете спокойно обновляться  на локалке и на удалённой копии.
Всё будет работать.

Ну во первых, лучше работать в GIT. Он намного лучше себя ведёт.
А во вторых БД c файлами никак не связана.

SVN как и GIT, служит для контроля версий, чтобы можно было нескольким людям вместе работать соединять ветки (изменения в одних и тех же файлах), и смотреть изменения в файлах, которые были до этого и при необходимости откатываться к нужным изменеиям.

Да, я знаю что такое системы контроля версий и зачем они нужны. Я имею ввиду, например, вышло обновление коробки RS и допустим в этом обновлении внесены изменения в структуру БД, я обновил на локале и процесс обновления помимо файлов еще и структуру БД изменил. Но, если я синхронизирую с удаленным хостом, то синхронизируются только файлы, а БД останется неизменной, т.е. мне нужно запустить процесс актуализации БД, так ведь? Я видел есть пункт "Исправить структуру БД", достаточно ли его запуска?

SVN как и GIT, служит для контроля версий, чтобы можно было нескольким людям вместе работать соединять ветки (изменения в одних и тех же файлах), и смотреть изменения в файлах, которые были до этого и при необходимости откатываться к нужным изменеиям.