За вывод блока с логотипом отвечает шаблон:
/modules/main/view/blocks/logo/logo.tpl
Это можно понять, если включить режим отладки:
Чтобы изменить шаблон, его нужно скопировать сюда /templates/{ВАША_ТЕМА}/moduleview/main/blocks/logo/logo.tpl,
согласно правилу, подробно описанному здесь: http://www.readyscript.ru/faq/#faq-change-template
Далее здесь уже его править.
Стили содержатся в файле /templates/{ВАША_ТЕМА}/resource/css/style.css
После правки стилей, шаблоны уже нельзя будет обновлять.
Рекомендую создавать свою тему путем копирования одной из стандартных тем, чтобы вносить в неё изменения. Не забудьте переключиться на вашу собственную тему после копирования в разделе Веб-сайт->Настройка сайта.