После выхода складов. Все остатки теперь привязаны к Комплектациям. У любого товара всегда есть как минимум одна (основная комплектация).
Но в то же время у товара сохранено поле, в котором хранится КЭШ значение общего остатка товара по всем комплектациям. Это значение будет пересчитано при любом обновлении объекта товара (сохранение в админке, оформление заказа с ним, если включен учет остатков, и.т.д.)
Обновление остатков теперь должно происходить через импорт комплектаций. Можете попробовать сделать экспорт комплектаций, чтобы понять формат данных.
Насколько я понимаю, Вы импортировали через CSV товара общий остаток товара, т.к. в таблице товаров отображается именно он. А комплектации обновлены не были.
Если вы импортируете остаток через CSV комплектаций, то у вас будет обновлен и общий остаток у товара, который отобразится в таблице, таким образом все цифры будут корректными.
ВАЖНО: Сегодня вышло обновление в котором были исправлены некоторые ошибки, связанные с импортом данных. Пожалуйста, сперва обновите вашу систему до последней версии.