Мы такой возможности массовой установки не предусматривали за ненадобностью. Но тут 2 варианта можно сделать.
Первый это выгрузка в CSV, автоматическое проставление в Excel артикулов и потом обратная загрузка товаров. (Однако т.к. артикулов нет, то нужно проверить настройки модуля Каталог товаров в части CSV опознания товаров. Там по умолчанию идёт по артикулу. Ато если не найдёт, то создаст копию товаров.)
Вторая это из дополнительного модуля подвеситься на beforeWrite(Действия перед записью объкта) товара и там проверить, если поле артикула пустое, то генерировать артикул. Например так:
$api = new \Catalog\Model\Api();
$this['barcode'] = $api->genereteBarcode();
где $this это объект, \Catalog\Model\Orm\Product, т.е. сам товар
P.S.
Однако, т.к. при импорте артикул записывается, то в настройках модуля обмена с 1С поставьте галочку не обновлять артикул.