Добрый день!
Вносить изменения в системные файлы - не имеет смысла, все ваши изменения будут затерты при обновлении. Любое изменение нужно производить исключительно за счет новых файлов в системе.
1. Чтобы перегрузить шаблоны, находящиеся в папке /template/system/, нужно создать папку /template/mysystem/ и повторить в ней полный путь к изменяемому файлу. Например, если хотите изменить файл:
/template/system/admin/body.tpl - нужно скопировать его в
/template/mysystem/admin/body.tpl - и его уже править
2. Вам не нужно изменять системные CSS, добавляйте в перегруженные вами шаблоны новую инструкцию по подключению CSS - {addcss file="my_new_css.css" basepath="common"}. В подключенном файле вы уже можете перегрузить системные инструкции CSS. Или перегружайте TPL файлы, где подключаются CSS файлы и изменяйте в них имя подключаемых CSS файлов
Например, эта конструкция в TPL шаблоне: {addcss file="my_style.css" basepath="common"}
подключит файл /resource/css/my_style.css
Не забывайте, что перегружать административные шаблоны модулей можно в том числе и через папку moduleview вашей темы оформления.
3. Есть сложный способ, не буду его описывать (это можно реализовать из доп. модуля с помощью многих действий)
Пожалуй, вам проще создать .my.inc.php для класса RS\Html\Filter\Type\Text
И просто перегрузить в нем конструктор
В итоге получится: /core/rs/html/filter/type/text.my.inc.php
<?php
namespace RS\Html\Filter\Type;
class Text extends AbstractType
{
public
$tpl = 'system/admin/html_elements/filter/type/string.tpl';
protected
$search_type = 'eq';
function __construct($key, $title, $options = array())
{
parent::__construct($key, $title, $options);
$this->type_array = array(3 => t('равно'), 1 => t('меньше, чем'), '2' => t('больше, чем'));
}
}
Вот проверьте на демо версии, этот шаблон не перегружается 
