Мы давно закладывали такую потенциальную возможность, но в купонах мы её не реализовывали полностью. Эта функциональность должна подхватываться остальными подсистемами - корзиной, заказом. (именно здесь должна быть основная логика)
С фиксированной скидкой на весь заказ есть определенные сложности.
Так например, в online чеках и в CommerceML(1C) нет понятия скидка на заказ,
поэтому скидку на заказ нужно распределять на товары. Также есть неоднозначности с расчетом сложных случаев налогов, когда в корзине есть товары с разной ставкой налогов (такое бывает).
Эти задачи решаются, правда нетривиально.
В одном из недавних обновлений мы добавили техническую возможность добавления независимой фиксированной скидки на заказ. Например, из админки можно добавлять скидку на весь заказ. Это делается добавлением специального типа элемента в корзину заказа.
Но в случае с купонами - нужно делать независимую реализацию, расширяя логику метода \Shop\Model\Cart::addDiscountData(). Двумя-тремя строчками думаю тут не обойдется.