Насчет того, что в комплектациях используются изолированные характеристики. Изначально мы писали нашу модель товара под 1С 10.3 (тогда 11 версии не было), там были четко разделены понятия - свойства товара, характеристики номенклатуры(которые не связаны со свойствами), соответственно в ReadyScript для 100% интеграции было сделано также.
Вы немного не правы.
Механизм дополнительных свойств в 1С универсальный, и для номенклатуры и для характеристик.
http://c2n.me/3E6eqRn
И свойство хранится как "объект, свойство, значение"
http://c2n.me/3E6et3w
у объекта и свойства всегда есть ИД, у значения ИД есть если свойстве выбран вариант "Значения свойств объектов"
http://c2n.me/3E6evzc