В моем случае при экспорте из 1С имеются нестандартные элементы у товара, которые нужно особым образом обрабатывать в процессе импорта. Я вышел из ситуации внеся изменения в файл

/exchange/model/importers/catalogproduct.inc.php

Вопрос в том, что произойдет при следующем обновлении модуля? Как мне сделать так, чтобы мои изменения не уничтожились обновлением?

Для получения логина и пароля вы можете воспользоваться сервисом http://sms.readyscript.ru. Вам нужно зарегистрироваться, указав свой логин и пароль. После этого вы можете указывать эти данные в настройках модуля "Уведомления".