Вы вносите изменения в файлы входящие в дистрибутив, что естественно несовместимо с обновлениями, если вы в процессе обновления ставите флажок напротив данной темы.
Любые изменения в системе допустимы только с помощью новых файлов.
В вашем случае (так как у вас незначительные изменения) можно делать так:
Вам нужно создавать свой CSS файл (custom_file.css) в папке perfume/resource/css, в CSS вам нужно путем перегрузки селекторов задавать новые стили, указывать новые ссылки на и НОВЫЕ файлы изображений (ни в коем случае не перезаписанные старые).
Затем вы можете создать файл scripts.tpl в корне темы perfume и воспользоваться в нем конструкцией по подключению CSS файлов:
{addcss file="custom_file.css"}
Если хотите изменять tpl файлы блочных контроллеров, то в конструкторе сайта можете назначить конкретному блоку новый шаблон и только его изменять.
-----
Если вы хотите изменять TPL файлы не блочных контроллеров, то безусловно вам нужно клонировать тему, т.е. отвязывать её от обновления (так как по факту это уже будет ваша собственная тема), а затем вручную обновлять, исключая те файлы, где вы внесли изменения.