Что выбрать МойСклад или 1С ?

Мой склад это обрезанный аналог 1С в облаке. По мне он удобнее 1С и там нет наличия вызова 1Сника при первом же затыке. Плюс есть поддержка касс.
А вот 1С обладает более обширным функционалом, и 1Сником, который может, что-то допилить под Вас в отличии от Моего склада. Там под себя Вы уже ничего не подкрутите.
Мой склад удобнее, но в 1С больше возможностей, но и гемороя.  Тут, скорее нужно Вам попробовать и то и то и понять для себя, что Вам подходит под Ваши задачи.

У моего склада подключение интернет-магазина платное(+500) и только на тарифе от 1000 руб,а бесплатная версия крайне урезана. В сумме за год это даст от 18 000 рублей.
Я за 1С и Инфо-предприятие (в облаке терминальная максимальная версия 700 руб), хотя пользуюсь вообще Memo Fora))
Советую подождать. Пока еще не ясно, как все будет интегрировано. Есть предложение от Атол в виде облачных касс. Возможно, наименования товаров в кассу будет передаваться от ИМ при покупке.
Схема такая: ИМ->Платежная система->Успешная оплата->ИМ->Сервис облачных онлайн-касс.
Насколько я помню,  наименование товаров в чеке до 2021 для ИП на УСН необязательны.

- в нем говорится о наименовании товара в чеке для УСН и ИП с 01.02.2021 года. Видимо, введут еще и какую то классификацию.
У нас вообще устроили массовую спам-рассылку о том, что ИП на ЕНВД уже с 01.02.2017 должны иметь онлайн-кассу, хотя отсрочка до 01.07.2018. В общем, все пользуются возможностью подзаработать.
Чувствую, в 2018 году будет ад, так как большинство ИП работают на ПСН, ЕНВД в том числе для того, чтобы не пользоваться кассой.

Хотели вообще не применять ФН и первые тестовые онлайн-кассы были без него (программное шифрование), но видимо пролоббировали. Смотрю цены, ККТ с ЭКЛЗ до 10 000, а с такое же, но с ФН уже около 20 000.

Мойсклад работает отлично , более менее понятно, но как по мне цена сильно завышена.

А у курьера, вы должны будете купить для него отдельную кассу, которая это умеет. У Атола будет ряд решений на многие случаи жизни.

Нам новая касса Эвотор обошлась в 30 000, можно было бы сэкономить тысяч 5-6, если бы сами получали цифровую подпись, но было некогда, также подключение кассы к ОФД, настройка подписей, регистрация накопителя тоже можно было бы самим сделать, но нам помогли, это еще 3-6 тысяч (но тут можно и самим поковыряться)

Это была касса из старой поставки. Кассы из новых поставок уже стоили на несколько тысяч дороже, чем раньше, поэтому и выбрали Эвотор, потому что остальные самые простые стоили на 2-3 тысячи дешевле, а функционал намного беднее. Некоторые аппараты только по ком-порту с компом соединяются или через роутер. У нас ни вай-фая, ни роутера нет, поэтому нам только вариант с симкой подходил
(будьте внимательны, а то кассу поставите, а как в инет выходить не подумаете заранее).

В моем складе есть API, с помощью которого решаются любые проблемы по обновлению сайта, созданию заказов, изменению их статусов и и т.д. Если это просто торговля, без шальных серых схем, то лучше ничего не придумано, я недавно сеть автомагазинов на нее перевел, сейчас с планшетов торгуют.

Насчет Моего склада.  Многие не очень доверяют передаче всей информации своего бизнеса в "чужие облачные руки (Продадут, потеряют и т.д.)

Онлайн кассы. Проблема в том, что курьерские службы и яндекс.касса перечисляют средства на Р/С за исключением своей комиссии.
И комиссия может быть разной. В результате идет уменьшение налогооблагаемой базы.
Многие "забывают" ее учитывать.
А курьерки типа СДЕК могут вообще по полгода не перечислять и из суммы на счету вычитать доставку других посылок. В результате на Р/С вообще может ничего не прийти.

Странно, что передачу в ОФД для сайтов нельзя сделать программно. Банки же отправлют все информацию в ЦБ без доп.железок, а с программным шифрованием. Точно так же пусть и агрегаторы отправляют.

Я бы больше не доверял дырявым серверам, которые в больших количествах стоят в офисах, с открытыми портами.

Как обычно, сначала введут, потом доработают. Кусок хлеба большой, проллобируют и программные решения.