Это очень странно. На факт оплаты у нас нет условий на списание остатка товара.
У нас в коде установлено простое условие, если включена указанная выше опция,
то всегда при создании заказа списывать товар со склада, выбранного вручную в случае самовывоза или "по-умолчанию".
Проверьте, у вас хотя бы один склад отмечен, как склад "по-умолчанию"?
Проверьте, пожалуйста, на вкладке Комплектации - количество уменьшается?