Давайте для начала конфигами mysql похвастаемся...
Время ночь, а проект запустить надо сидим эксперементируем с настройками БД, вот изначальная, с нее то все проблемы и растут.
[client]
port=3306
socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock
[mysqld_safe]
socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock
[mysqld]
user=mysql
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid
socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock
port=3306
basedir=/usr
datadir=/var/lib/mysql
tmpdir=/tmp
lc-messages-dir=/usr/share/mysql
log_error=/var/log/mysql/error.log
symbolic-links=0
skip-external-locking
key_buffer_size = 256M
max_allowed_packet = 32M
table_open_cache = 256
sort_buffer_size = 1M
read_buffer_size = 1M
read_rnd_buffer_size = 4M
myisam_sort_buffer_size = 64M
thread_cache_size = 8
query_cache_size= 16M
#innodb_use_native_aio = 0
innodb_file_per_table
max_connections=200
max_user_connections=50
wait_timeout=10
interactive_timeout=50
long_query_time=5
!includedir /etc/mysql/conf.d/
