Flash анимация или Gif для банера

Да, вы можете загрузить GIF анимированный баннер,
необходимо будет только использовать флажок "Использовать оригинал файла для вставки" непосредственно в окне редактирования баннера. (Чтобы система не пережимала его и соответственно не терялась анимация)

Вы также можете загрузить и Flash баннер, но необходимо будет подкорректировать шаблон баннера
/modules/banners/view/blocks/bannerzone/zone.tpl или /modules/banners/view/blocks/slider/slider.tpl, стандартно там используется
<img src="{ссылка на баннер}">, а в случае с flash Баннером нужно будет использовать что-то вроде:

<object width="280" height="600" classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" 
codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=9,0,18,0" 
type="application/x-shockwave-flash" data="{ссылка на баннер}">
    <param name="quality" value="high" /> 
    <param name="scale" value="noborder" /> 
    <param name="salign" value="t" /> 
    <param name="wmode" value="opaque" /> 
    <param name="src" value="{ссылка на баннер}" /> 
    <embed width="280" height="600" id="linebanner" src="{ссылка на баннер}"> </embed> 
</object>