Если речь идет о простом сокрытии значений характеристики в фильтре, которых нет в наличии у комплектации, то для этого нужно включить опцию "Учитывать остатки комплектаций товаров в фильтрах при использовании многомерных комплектаций" в настройках модуля Каталог. И обязательно использовать многомерные комплектации, хотя бы с одним параметром.
-----------
Если имеется ввиду другая задача. Формировать фильтр по значениям характеристик комплектаций - логически невозможно.
Фильтрация происходит именно по объекту товара, потому-что пользователь в списках видит всегда только основную комплектацию товара всегда (то есть сам товар), соответственно характеристика товара должна описывать все возможные значения его комплектаций.
Если товар бывает в размерах S,M,L,XL.
То должна быть списковая характеристика "Размер товара" со значениями S,M,L,XL.
А у каждой комплектации задана хар-ка "Размер товара" только с одним значением S или M или L или XL